Documentation générée

	Documentation du Job
	Generated by Talend Open Studio for Data Integration

Nom du projet	BDD_Phyto	Date de génération	3 sept. 2012 14:04:09
Créé par :	alain.benard@nancy.inra.fr	Talend Open Studio VERSION	5.0.0.r72978

Summary

Description du projet

Description

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Paramètres

Liste des contextes

Liste des composants

Description du composant

Description du projet

Propriétés	Valeurs
Nom	BDD_Phyto
Langue	java
Description	Base de données Phyto écologie (Floristique - Dendro(s) - Sol)

Description

Propriétés	Valeurs
Nom	bdnff5
Créé par :	alain.benard@nancy.inra.fr
Version	1.0
Objectif	Intégration des espèces de la BDNFF 5
Statut	PROD
Description	ajoutbidon Alimentation de la table des espèces à partir du fichier excel de la base de données BDNFF. Ce tableau présen te les caractéristiques suivantes :• La colonne 'Calc.: Nom valide' comporte le nom officiel s'il y a des synonymes • S'il n'y a pas de synonyme la colonne 'Aff.: CombNom si Valide' comporte le nom officiel • La colonne 'D:n° nomenclatural'comporte un identifiant pour chaque ligne (des trous dans la séquence indiquent certain ement des suppressions par rapport à une version plus ancienne)• La colonne 'D:n° taxonomique' identifie un nom officiel (pas de synonyme ou 'Aff.: CombNom si Valide') Le job intégrera uniquement les noms officiels pour lesquels le champ 'D:n° taxonomique' est renseigné. Ceci exclu les s ynonymes ainsi que les espèces sans 'D:n° taxonomique' renseigné (espèces pour lesquelles la colonne 'Calc: doute du nom valide' est généralement renseignée ainsi que la colonne 'Aff.: égal synonyme' avec une valeur débutant par #). Excepté l'identifiant taxonomique 30442 qui n'est pas pris en compte par le traitement et l'identifiant taxonomique 37465 qui c omporte des doublons sur le champ 'Aff.: CombNom si Valide' l'ensemble des identifiants taxonomiques correspond à une et une seule valeur du champ 'Aff.: CombNom si Valide' - c'est donc le champ 'Aff.: CombNom si Valide' qui sera utilisé co mme nom d'espèce.
Création	6 janv. 2011 14:51:24
Modification	3 sept. 2012 10:27:02

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Paramètres

Paramètres supplémentaires

Nom	Valeur
COMP_DEFAULT_FILE_DIR	D:/tos/TOS_DI-Win32-r72978-V5.0.0/workspace
Exécution multi thread	false
tContextLoad implicite	false

Stats & Logs

Nom	Valeur
Utiliser les statistiques (tStatCatcher)	false
Utiliser les logs (tLogCatcher)	false
Utiliser les volumes (tFlowMeterCatcher)	false
Dans la console	false
Dans des fichiers	false
Dans la base de données	false
Capturer les statistiques des composants	false
Capturer les erreurs de l'exécutable	true
Capturer les erreurs de l'utilisateur	true
Capturer les alertes à l'utilisateur	true

Liste des contextes

Contexte :Default

Nom	Prompt	Need Prompt?	Type	Valeur	Source
dossier_base	dossier_base?	false	id_String	null	CTX_Chemins
fichierbdnff	fichierbdnff?	false	id_String	null	CTX_Chemins
fichiernum_taxo_doublon	fichiernum_taxo_doublon?	false	id_String	null	CTX_Chemins
fichiernum_taxo_null	fichiernum_taxo_null?	false	id_String	null	CTX_Chemins
sous_dossier_log	sous_dossier_log?	false	id_String	null	CTX_Chemins
sous_dossier_modeles	sous_dossier_modeles?	false	id_String	null	CTX_Chemins
sous_dossier_tmp	sous_dossier_tmp?	false	id_String	null	CTX_Chemins
DB_Phyto_Database	DB_Phyto_Database?	false	id_String
DB_Phyto_Login	DB_Phyto_Login?	false	id_String
DB_Phyto_Password	DB_Phyto_Password?	true	id_Password	******
DB_Phyto_Port	DB_Phyto_Port?	false	id_String
DB_Phyto_Schema	DB_Phyto_Schema?	false	id_String
DB_Phyto_Server	DB_Phyto_Server?	false	id_String
id_flore_origine	id_flore_origine?	false	id_Integer		Variables

Contexte :production

Nom	Prompt	Need Prompt?	Type	Valeur	Source
dossier_base	dossier_base?	false	id_String	//mandragore/phyto/BDD/base_phyto/floristique	CTX_Chemins
fichierbdnff	fichierbdnff?	false	id_String	D:/projets/BDD Phyto/codifications/bdnffv5.xlsx	CTX_Chemins
fichiernum_taxo_doublon	fichiernum_taxo_doublon?	false	id_String	//mandragore/phyto/bdd/base_phyto/floristique/integration/log/doublon_numtaxo.csv	CTX_Chemins
fichiernum_taxo_null	fichiernum_taxo_null?	false	id_String	//mandragore/phyto/bdd/base_phyto/floristique/integration/log/num_taxo_null.csv	CTX_Chemins
sous_dossier_log	sous_dossier_log?	false	id_String	/Integration/log	CTX_Chemins
sous_dossier_modeles	sous_dossier_modeles?	false	id_String	/Modeles	CTX_Chemins
sous_dossier_tmp	sous_dossier_tmp?	false	id_String	/Integration/tmp	CTX_Chemins
DB_Phyto_Database	DB_Phyto_Database?	false	id_String	db_phyto
DB_Phyto_Login	DB_Phyto_Login?	false	id_String	albenard
DB_Phyto_Password	DB_Phyto_Password?	true	id_Password	******
DB_Phyto_Port	DB_Phyto_Port?	false	id_String	5432
DB_Phyto_Schema	DB_Phyto_Schema?	false	id_String	public
DB_Phyto_Server	DB_Phyto_Server?	false	id_String	pggeodb.nancy.inra.fr
id_flore_origine	id_flore_origine?	false	id_Integer	5	Variables

Contexte :test

Nom	Prompt	Need Prompt?	Type	Valeur	Source
dossier_base	dossier_base?	false	id_String	D:/tos/donnees/bdd_phyto/global	CTX_Chemins
fichierbdnff	fichierbdnff?	false	id_String	D:/projets/BDD Phyto/codifications/bdnffv5.xlsx	CTX_Chemins
fichiernum_taxo_doublon	fichiernum_taxo_doublon?	false	id_String	D:/projets/BDD Phyto/codifications/doublon_numtaxo.csv	CTX_Chemins
fichiernum_taxo_null	fichiernum_taxo_null?	false	id_String	D:/projets/BDD Phyto/codifications/log/num_taxo_null.csv	CTX_Chemins
sous_dossier_log	sous_dossier_log?	false	id_String	/Integration/log	CTX_Chemins
sous_dossier_modeles	sous_dossier_modeles?	false	id_String	/Modeles	CTX_Chemins
sous_dossier_tmp	sous_dossier_tmp?	false	id_String	/Integration/tmp	CTX_Chemins
DB_Phyto_Database	DB_Phyto_Database?	false	id_String	db_phyto
DB_Phyto_Login	DB_Phyto_Login?	false	id_String	admin
DB_Phyto_Password	DB_Phyto_Password?	true	id_Password	******
DB_Phyto_Port	DB_Phyto_Port?	false	id_String	5432
DB_Phyto_Schema	DB_Phyto_Schema?	false	id_String	public
DB_Phyto_Server	DB_Phyto_Server?	false	id_String	bdd.nancy.inra.fr
id_flore_origine	id_flore_origine?	false	id_Integer	5	Variables

Liste des composants

Nom du composant	Type de composant
tConvertType_2	tConvertType
tFileInputExcel_1	tFileInputExcel
tMap_1	tMap
tPostgresqlCommit_1	tPostgresqlCommit
tPostgresqlConnection_1	tPostgresqlConnection
tPostgresqlOutput_1	tPostgresqlOutput
tUniqRow_2	tUniqRow

Description du composant

Composant : tConvertType

	UNIQUE NAME	tConvertType_2	INPUT(S)	tMap_1
	Libellé	Conversion	OUTPUT(S)	tUniqRow_2

Paramètres du composant :

Propriétés	Valeurs
Activer	true
Statistiques du tStatCatcher	false
!!!IN_SCHEMA.NAME!!!
Conversion automatique	true
Définir les valeurs vides comme Null avant de convertir	false
Terminer en cas d'erreur	false
Afficher les informations	true
Commentaire	Ce composant convertit le champ numérique num_taxonomique (fichier BDNFF) en chaîne de caractère pour respecter le type du champ cible de la base de données.
Utiliser une règle de validation existante	false

Schéma detConvertType_2 :

Column	Clé	Type	Longueur	Nullable
nom_espece	false	String	256	true
id_ori	false	Integer		true
num_taxonomique	false	String	6	true

Original Function Parameters:

Composant : tFileInputExcel

	UNIQUE NAME	tFileInputExcel_1	INPUT(S)	tPostgresqlConnection_1
	Libellé	bdnff5	OUTPUT(S)	tMap_1

Paramètres du composant :

Propriétés	Valeurs
Activer	true
Statistiques du tStatCatcher	false
Lire un fichier au format excel2007 (xlsx)	true
Nom de fichier/Flux	context.fichierbdnff
Toutes les feuilles	true
En-tête	1
Pied-de-page	0
Limite
Affecte chaque feuille (en-tête et pied de page)	false
Première colonne	1
Dernière colonne
Terminer en cas d'erreur	false
Séparateur avancé (pour les nombres)	false
Supprimer les espaces en début et en fin de champ dans toutes les colonnes	false
Sélectionnez la colonne dans laquelle vous voulez supprimer les espaces entourant les champs	column name="Liste des composants">tPostgresqlConnection_1</column> <column name="Table">"tr_espece_esp"</column> <column name="Action sur la table">NONE</column> <column name="Action sur les données">INSERT</column> <column name="Schéma"></column> <column name="Terminer en cas d'erreur">false</column> <column name="Colonnes supplémentaires">[]</column> <column name="Utiliser les options des champs">false</column> <column name="Activer le mode débogage">false</column> <column name="Supporter des valeurs null dans la clause "WHERE SQL"">false</column> M=false}, {SCHEMA_COLUMN=Aff___Valide__Comb_et_Annee_et_Source, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=Aff___egal_synonyme, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=Calc___Classif__et_Famille, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=Calc___egal_Nom_valide, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=calc__Basionyme, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=Calc__doute_du_nom_valide, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=Calc__Formule_d_hybridation, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=Cle_de_tri__Genre, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=CombNomen, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=D_Annee, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=D_Auteur_principal, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=D_Basionyme, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=D_Doute_nom_valide, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=D_Espece, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=D_Genre, TRIM=false}]
Encodage	"UTF-8"
Terminer la lecture sur ligne vide	false
Afficher les informations	false
Commentaire
Utiliser une règle de validation existante	false

Schéma demetadata :

Column	Clé	Type	Longueur	Nullable
Calc___Nom_et_reference_biblio	false	String	512	true
Nom_binomial	false	String	256	true
nom_valide	false	String	256	true
nom_complet	false	String	256	true
num_nomenclatural	true	Integer	6	true
num_taxonomique	false	Integer	6	true
D_Statut	false	Integer	2	true
I_CombNomenNew	false	String	256	true
I_Rang_taxonomique	false	Integer	6	true
D_Num_nom_valide	false	Integer	6	true
Aff___CombNomValide_et_form_Hybr	false	String	256	true
Aff___Subsp_Invalide	false	String	256	true
Aff___Subsp_Valide	false	String	256	true
Aff___Syn___Comb_et_Annee_et_Source	false	String	256	true
Aff___Valide__Comb_et_Annee_et_Source	false	String	256	true
Aff___egal_synonyme	false	String	256	true
Calc___Classif__et_Famille	false	String	256	true
Calc___egal_Nom_valide	false	String	256	true
calc__Basionyme	false	String	256	true
Calc__doute_du_nom_valide	false	String	128	true
Calc__Formule_d_hybridation	false	String	128	true
Cle_de_tri__Genre	false	String	64	true
CombNomen	false	String	128	true
D_Annee	false	String		true
D_Auteur_principal	false	String	64	true
D_Basionyme	false	String	8	true
D_Doute_nom_valide	false	String		true
D_Espece	false	String		true
D_Genre	false	String		true

Original Function Parameters:

Composant : tPostgresqlCommit

	UNIQUE NAME	tPostgresqlCommit_1	INPUT(S)	tPostgresqlOutput_1
	Libellé	Commit transaction	OUTPUT(S)	none

Paramètres du composant :

Propriétés	Valeurs
Activer	true
Statistiques du tStatCatcher	false
Liste des composants	tPostgresqlConnection_1
Fermer la connexion	true
Afficher les informations	false
Commentaire	Commit de la transaction d'insertion des espèces.
Utiliser une règle de validation existante	false

Schéma detPostgresqlCommit_1 :

Column	Clé	Type	Longueur	Précision	Nullable	Commentaire

Original Function Parameters:

Composant : tPostgresqlConnection

	UNIQUE NAME	tPostgresqlConnection_1	INPUT(S)	none
	Libellé	DB_Phyto	OUTPUT(S)	tFileInputExcel_1

Paramètres du composant :

Propriétés	Valeurs
Activer	true
Statistiques du tStatCatcher	false
Hôte	context.DB_Phyto_Server
Port	context.DB_Phyto_Port
Base de données	context.DB_Phyto_Database
Schéma	context.DB_Phyto_Schema
Utilisateur	context.DB_Phyto_Login
Mot de passe	context.DB_Phyto_Password
Utiliser ou enregistrer une connexion partagée à une base de données	false
Commit automatique	false
Afficher les informations	false
Commentaire
Utiliser une règle de validation existante	false

Original Function Parameters:

Composant : tPostgresqlOutput

	UNIQUE NAME	tPostgresqlOutput_1	INPUT(S)	tUniqRow_2
	Libellé	tr_espece_esp	OUTPUT(S)	tPostgresqlCommit_1

Paramètres du composant :

Propriétés	Valeurs
Activer	true
Statistiques du tStatCatcher	false
Utiliser une connexion existante	true
Liste des composants	tPostgresqlConnection_1
Table	"tr_espece_esp"
Action sur la table	NONE
Action sur les données	INSERT
Schéma
Terminer en cas d'erreur	false
Colonnes supplémentaires	[]
Utiliser les options des champs	false
Activer le mode débogage	false
Supporter des valeurs null dans la clause "WHERE SQL"	false
Utiliser la taille des lots	true
Taille des lots	10000
Afficher les informations	true
Commentaire	Table des espèces de la base de données
Utiliser une règle de validation existante	false

Schéma detPostgresqlOutput_1 :

Column	Clé	Type	Longueur	Nullable
nom_espece	false	String	256	true
id_ori	false	Integer		true
num_taxonomique	false	String	6	true

Original Function Parameters:

Composant : tUniqRow

	UNIQUE NAME	tUniqRow_2	INPUT(S)	tConvertType_2
	Libellé	__UNIQUE_NAME__	OUTPUT(S)	tPostgresqlOutput_1

Paramètres du composant :

Propriétés	Valeurs
Activer	true
Statistiques du tStatCatcher	false
Clé unique	[{CASE_SENSITIVE=false, KEY_ATTRIBUTE=false, SCHEMA_COLUMN=nom_espece}, {CASE_SENSITIVE=false, KEY_ATTRIBUTE=false, SCHEMA_COLUMN=id_ori}, {CASE_SENSITIVE=false, KEY_ATTRIBUTE=true, SCHEMA_COLUMN=num_taxonomique}]
Seulement une fois chaque clé dupliquée	false
Utiliser le disque (convient au traitement d'un grand nombre de lignes)	false
Afficher les informations	false
Commentaire
Utiliser une règle de validation existante	false

Schéma detUniqRow_2 :

Column	Clé	Type	Longueur	Nullable
nom_espece	false	String	256	true
id_ori	false	Integer		true
num_taxonomique	false	String	6	true

Original Function Parameters:

Composant : tMap

	UNIQUE NAME	tMap_1	INPUT(S)	tFileInputExcel_1
	Libellé	Extraction noms officiels	OUTPUT(S)	tConvertType_2