Documentation générée

	Documentation du Job
	Generated by Talend Open Studio for Data Integration

Nom du projet	BDD_Phyto	Date de génération	3 sept. 2012 14:04:09
Créé par :	alain.benard@nancy.inra.fr	Talend Open Studio VERSION	5.0.0.r72978

Summary

Description du projet

Description

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Paramètres

Liste des contextes

Liste des composants

Description du composant

Description du projet

Propriétés	Valeurs
Nom	BDD_Phyto
Langue	java
Description	Base de données Phyto écologie (Floristique - Dendro(s) - Sol)

Description

Propriétés	Valeurs
Nom	bdnff5_equivalence
Créé par :	alain.benard@nancy.inra.fr
Version	1.0
Objectif	Proposer des équivalences de noms officiels présents dans la bdnff 5.
Statut	PROD
Description	Ce job s'appuie sur le fichier de la bdnff version 5 et propose des équivalences en fonction d'un fichier contenant une liste d'espèce. Le résultat comportera une ou plusieurs lignes pour chaque espèce présente dans le fichier d'entrée - ch arge à l'opérateur de choisir ensuite quelle ligne est la mieux adpatée.
Création	5 avr. 2011 18:13:26
Modification	3 sept. 2012 10:27:16

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Paramètres

Paramètres supplémentaires

Nom	Valeur
COMP_DEFAULT_FILE_DIR	D:/tos/TOS_DI-Win32-r72978-V5.0.0/workspace
Exécution multi thread	false
tContextLoad implicite	false

Stats & Logs

Nom	Valeur
Utiliser les statistiques (tStatCatcher)	false
Utiliser les logs (tLogCatcher)	false
Utiliser les volumes (tFlowMeterCatcher)	false
Dans la console	false
Dans des fichiers	false
Dans la base de données	false
Capturer les statistiques des composants	false
Capturer les erreurs de l'exécutable	true
Capturer les erreurs de l'utilisateur	true
Capturer les alertes à l'utilisateur	true

Liste des contextes

Contexte :avignon

Nom	Prompt	Need Prompt?	Type	Valeur
dossier_base	dossier_base?	false	id_String	D:/tos/donnees/geonetavignon/global
sous_dossier_tmp	sous_dossier_tmp?	false	id_String	/Integration/tmp
sous_dossier_modeles	sous_dossier_modeles?	false	id_String	/Modeles
sous_dossier_log	sous_dossier_log?	false	id_String	/Integration/log
fichierbdnff	fichierbdnff?	false	id_String	D:/projets/BDD Phyto/codifications/bdnffv5.xlsx
fichiernum_taxo_null	fichiernum_taxo_null?	false	id_String	D:/projets/BDD Phyto/codifications/log/num_taxo_null.csv
fichiernum_taxo_doublon	fichiernum_taxo_doublon?	false	id_String	D:/projets/BDD Phyto/codifications/doublon_numtaxo.csv
fichiergenres	fichiergenres?	false	id_String	D:/projets/BDD Phyto/codifications/Dictionnaire_des_noms_de_genres_utf8.dic
fichiergenre_bddseul	fichiergenre_bddseul?	false	id_String	D:/projets/BDD Phyto/codifications/rejet_genresbddseul.csv
fichiergenre_dicoseul	fichiergenre_dicoseul?	false	id_String	D:/projets/BDD Phyto/codifications/rejet_genresdicoseul.csv
fichierbdnbe	fichierbdnbe?	false	id_String	//mandragore/phyto/bdd/base_phyto/floristique/Liste_des_bryophytes_d'Europe_2008.xls

Contexte :Default

Nom	Prompt	Need Prompt?	Type	Valeur	Source
cheminficutilisateur	cheminficutilisateur?	false	id_String	null
cheminequivalencegenre	cheminequivalencegenre?	false	id_String	null
cheminsansequivalencegenre	cheminsansequivalencegenre?	false	id_String	null
fichierbdnff	fichierbdnff?	false	id_String	null	CTX_Chemins
cheminequivalenceespece	cheminequivalenceespece?	false	id_String	null
cheminsansequivalenceespece	cheminsansequivalenceespece?	false	id_String	null
cheminnoms_officiels_bdnff	cheminnoms_officiels_bdnff?	false	id_String	null
dossierresultat	dossierresultat?	false	id_String	null

Contexte :production

Nom	Prompt	Need Prompt?	Type	Valeur	Source
cheminficutilisateur	cheminficutilisateur?	false	id_String	null
cheminequivalencegenre	cheminequivalencegenre?	false	id_String	null
cheminsansequivalencegenre	cheminsansequivalencegenre?	false	id_String	null
fichierbdnff	fichierbdnff?	false	id_String	D:/projets/BDD Phyto/codifications/bdnffv5.xlsx	CTX_Chemins
cheminequivalenceespece	cheminequivalenceespece?	false	id_String	null
cheminsansequivalenceespece	cheminsansequivalenceespece?	false	id_String	null
cheminnoms_officiels_bdnff	cheminnoms_officiels_bdnff?	false	id_String	null
dossierresultat	dossierresultat?	false	id_String	null

Contexte :test

Nom	Prompt	Need Prompt?	Type	Valeur	Source
cheminficutilisateur	cheminficutilisateur?	false	id_String	D:/projets/BDD Phyto/codifications/espece_fgeremia.xls
cheminequivalencegenre	cheminequivalencegenre?	false	id_String	D:/projets/BDD Phyto/codifications/log/equiv_genres.csv
cheminsansequivalencegenre	cheminsansequivalencegenre?	false	id_String	D:/projets/BDD Phyto/codifications/log/sans_equiv_genres.csv
fichierbdnff	fichierbdnff?	false	id_String	D:/projets/BDD Phyto/codifications/bdnffv5.xlsx	CTX_Chemins
cheminequivalenceespece	cheminequivalenceespece?	false	id_String	D:/projets/BDD Phyto/codifications/log/equiv_especes.csv
cheminsansequivalenceespece	cheminsansequivalenceespece?	false	id_String	D:/projets/BDD Phyto/codifications/log/sans_equiv_especes.csv
cheminnoms_officiels_bdnff	cheminnoms_officiels_bdnff?	false	id_String	D:/projets/BDD Phyto/codifications/noms_officiels_bdnff5.csv
dossierresultat	dossierresultat?	false	id_String	D:/projets/BDD Phyto/codifications/log/

Liste des composants

Nom du composant	Type de composant
tFileDelete_1	tFileDelete
tFileInputDelimited_1	tFileInputDelimited
tFileInputDelimited_2	tFileInputDelimited
tFileInputExcel_1	tFileInputExcel
tFileInputExcel_2	tFileInputExcel
tFileInputExcel_4	tFileInputExcel
tFileList_1	tFileList
tFileOutputDelimited_2	tFileOutputDelimited
tFileOutputDelimited_3	tFileOutputDelimited
tFileOutputDelimited_4	tFileOutputDelimited
tFileOutputDelimited_5	tFileOutputDelimited
tFileOutputDelimited_7	tFileOutputDelimited
tFileOutputDelimited_8	tFileOutputDelimited
tLogRow_1	tLogRow
tMap_1	tMap
tMap_2	tMap
tMap_3	tMap
tMap_4	tMap
tMap_6	tMap
tMap_7	tMap
tPostjob_1	tPostjob
tSortRow_1	tSortRow
tUniqRow_1	tUniqRow
tUniqRow_2	tUniqRow
tUnite_1	tUnite

Description du composant

Composant : tFileDelete

	UNIQUE NAME	tFileDelete_1	INPUT(S)	tPostjob_1
	Libellé	Suppression du fichier temporaire	OUTPUT(S)	tFileList_1

Paramètres du composant :

Propriétés	Valeurs
Activer	true
Statistiques du tStatCatcher	false
Nom de fichier	context.dossierresultat + "/final_tmp.csv"
Échoue si erreur	false
Supprimer le répertoire	false
Supprimer le Fichier ou le Répertoire	false
!!!NOTE.NAME!!!	*Note "CURRENT_STATUS" including: "File (or path) deleted." "No file (or path) deleted." "File (or path) does not exists or is invalid."
Afficher les informations	true
Commentaire	Le fichier issu d'un précédent traitement et contenant la concaténation des 4 fichiers résultats est effacé, permettant la création d'une nouvelle version en mode append.
Utiliser une règle de validation existante	false

Schéma detFileDelete_1 :

Column	Clé	Type	Longueur	Précision	Nullable	Commentaire

Original Function Parameters:

Composant : tFileInputDelimited

	UNIQUE NAME	tFileInputDelimited_1	INPUT(S)	none
	Libellé	Noms officiels BDNFF5	OUTPUT(S)	tMap_7

Paramètres du composant :

Propriétés	Valeurs
Activer	true
Statistiques du tStatCatcher	false
!!!FILENAMETEXT.NAME!!!	"When the input source is a stream or a zip file,footer and random shouldn't be bigger than 0."
Nom de fichier/Flux	context.cheminnoms_officiels_bdnff
Séparateur de lignes	"\n"
Séparateur de champs	";"
Options CSV	false
En-tête	0
Pied-de-page	0
Limite
Ignorer les lignes vides	true
Décompresser en tant que fichier zip	false
Terminer en cas d'erreur	false
Séparateur avancé (pour les nombres)	false
Extraire les lignes aléatoirement	false
Supprimer les espaces en début et en fin de champ dans toutes les colonnes	false
Sélectionnez la colonne dans laquelle vous voulez supprimer les espaces entourant les champs	[{SCHEMA_COLUMN=nom_espece, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=num_taxonomique, TRIM=false}]
Vérifier la structure de toutes les lignes par rapport au schéma	false
Vérifier la date	false
Encodage	"ISO-8859-15"
Séparer les lignes avant le champ	false
Afficher les informations	true
Commentaire	Fichier équivalent de la BDNFF5 intégré dans la base db_phyto (table tr_espece_esp). Une ligne comporte l'identifiant taxonomique et le nom officiel.
Utiliser une règle de validation existante	false

Schéma detFileInputDelimited_1 :

Column	Clé	Type	Longueur	Précision	Nullable	Commentaire
nom_espece	false	String	256		true
num_taxonomique	false	Integer	6		true

Original Function Parameters:

Composant : tFileInputDelimited

	UNIQUE NAME	tFileInputDelimited_2	INPUT(S)	tFileList_1
	Libellé	Fichier résultat	OUTPUT(S)	tFileOutputDelimited_7

Paramètres du composant :

Propriétés	Valeurs
Activer	true
Statistiques du tStatCatcher	false
!!!FILENAMETEXT.NAME!!!	"When the input source is a stream or a zip file,footer and random shouldn't be bigger than 0."
Nom de fichier/Flux	((String)globalMap.get("tFileList_1_CURRENT_FILEPATH"))
Séparateur de lignes	"\n"
Séparateur de champs	";"
Options CSV	false
En-tête	1
Pied-de-page	0
Limite
Ignorer les lignes vides	true
Décompresser en tant que fichier zip	false
Terminer en cas d'erreur	false
Séparateur avancé (pour les nombres)	false
Extraire les lignes aléatoirement	false
Supprimer les espaces en début et en fin de champ dans toutes les colonnes	false
Sélectionnez la colonne dans laquelle vous voulez supprimer les espaces entourant les champs	[{SCHEMA_COLUMN=id_esp_utilisateur, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=espece_utilisateur, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=genreutilisateurou2premiersmots, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=genrebdnff, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=NomComplet, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=Num_Taxo, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=NomEspeceOfficiel, TRIM=false}]
Vérifier la structure de toutes les lignes par rapport au schéma	false
Vérifier la date	false
Encodage	"ISO-8859-15"
Séparer les lignes avant le champ	false
Afficher les informations	true
Commentaire	Traite chaque fichier résultat (simple lecture pour concaténation du flux)
Utiliser une règle de validation existante	false

Schéma demetadata :

Column	Clé	Type	Longueur	Nullable
id_esp_utilisateur	false	Integer		true
espece_utilisateur	false	String		true
genreutilisateurou2premiersmots	false	String		true
genrebdnff	false	String		true
NomComplet	false	String		true
Num_Taxo	false	Integer	6	true
NomEspeceOfficiel	false	String		true

Original Function Parameters:

Composant : tFileInputExcel

	UNIQUE NAME	tFileInputExcel_1	INPUT(S)	none
	Libellé	bdnff5	OUTPUT(S)	tMap_3

Paramètres du composant :

Propriétés	Valeurs
Activer	true
Statistiques du tStatCatcher	false
Lire un fichier au format excel2007 (xlsx)	true
Nom de fichier/Flux	context.fichierbdnff
Toutes les feuilles	true
En-tête	1
Pied-de-page	0
Limite
Affecte chaque feuille (en-tête et pied de page)	false
Première colonne	1
Dernière colonne
Terminer en cas d'erreur	false
Séparateur avancé (pour les nombres)	false
Supprimer les espaces en début et en fin de champ dans toutes les colonnes	false
Sélectionnez la colonne dans laquelle vous voulez supprimer les espaces entourant les champs	[{SCHEMA_COLUMN=Calc___Nom_et_reference_biblio, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=Nom_binomial, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=nom_valide, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=nom_complet, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=num_nomenclatural, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=num_taxonomique, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=D_Statut, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=I_CombNomenNew, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=I_Rang_taxonomique, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=D_Num_nom_valide, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=Aff___CombNomValide_et_form_Hybr, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=Aff___Subsp_Invalide, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=Aff___Subsp_Valide, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=Aff___Syn___Comb_et_Annee_et_Source, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=Aff___Valide__Comb_et_Annee_et_Source, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=Aff___egal_synonyme, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=Calc___Classif__et_Famille, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=Calc___egal_Nom_valide, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=calc__Basionyme, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=Calc__doute_du_nom_valide, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=Calc__Formule_d_hybridation, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=Cle_de_tri__Genre, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=CombNomen, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=D_Annee, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=D_Auteur_principal, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=D_Basionyme, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=D_Doute_nom_valide, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=D_Espece, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=D_Genre, TRIM=false}]
Encodage	"UTF-8"
Terminer la lecture sur ligne vide	false
Afficher les informations	true
Commentaire	Fichier original contenant toutes les espèces de la BDNFF version 5
Utiliser une règle de validation existante	false

Schéma demetadata :

Column	Clé	Type	Longueur	Nullable
Calc___Nom_et_reference_biblio	false	String	512	true
Nom_binomial	false	String	256	true
nom_valide	false	String	256	true
nom_complet	false	String	256	true
num_nomenclatural	true	Integer	6	true
num_taxonomique	false	Integer	6	true
D_Statut	false	Integer	2	true
I_CombNomenNew	false	String	256	true
I_Rang_taxonomique	false	Integer	6	true
D_Num_nom_valide	false	Integer	6	true
Aff___CombNomValide_et_form_Hybr	false	String	256	true
Aff___Subsp_Invalide	false	String	256	true
Aff___Subsp_Valide	false	String	256	true
Aff___Syn___Comb_et_Annee_et_Source	false	String	256	true
Aff___Valide__Comb_et_Annee_et_Source	false	String	256	true
Aff___egal_synonyme	false	String	256	true
Calc___Classif__et_Famille	false	String	256	true
Calc___egal_Nom_valide	false	String	256	true
calc__Basionyme	false	String	256	true
Calc__doute_du_nom_valide	false	String	128	true
Calc__Formule_d_hybridation	false	String	128	true
Cle_de_tri__Genre	false	String	64	true
CombNomen	false	String	128	true
D_Annee	false	String		true
D_Auteur_principal	false	String	64	true
D_Basionyme	false	String	8	true
D_Doute_nom_valide	false	String		true
D_Espece	false	String		true
D_Genre	false	String		true

Original Function Parameters:

Composant : tFileInputExcel

	UNIQUE NAME	tFileInputExcel_2	INPUT(S)	none
	Libellé	Fichier utilisateur	OUTPUT(S)	tMap_1

Paramètres du composant :

Propriétés	Valeurs
Activer	true
Statistiques du tStatCatcher	false
Lire un fichier au format excel2007 (xlsx)	false
Nom de fichier/Flux	context.cheminficutilisateur
Toutes les feuilles	false
Liste des feuilles	[{USE_REGEX=false, SHEETNAME=0}]
En-tête	1
Pied-de-page	0
Limite
Affecte chaque feuille (en-tête et pied de page)	false
Première colonne	1
Dernière colonne	1
Terminer en cas d'erreur	false
Séparateur avancé (pour les nombres)	false
Supprimer les espaces en début et en fin de champ dans toutes les colonnes	false
Sélectionnez la colonne dans laquelle vous voulez supprimer les espaces entourant les champs	[{SCHEMA_COLUMN=espece_utilisateur, TRIM=false}]
Encodage	"ISO-8859-15"
Lire les valeurs réelles pour les nombres	false
Terminer la lecture sur ligne vide	true
Ne pas valider les cellules	false
Ignorer l'avertissement	false
Afficher les informations	true
Commentaire	Fichier Excel contenant les espèces dont on souhaite trouver les équivalences possibles en noms officiels de la BDNFF version 5 (traitement de la 1° feuille 1° colonne)
Utiliser une règle de validation existante	false

Schéma detFileInputExcel_2 :

Column	Clé	Type	Longueur	Précision	Nullable	Commentaire
espece_utilisateur	false	String			true

Original Function Parameters:

Composant : tFileInputExcel

	UNIQUE NAME	tFileInputExcel_4	INPUT(S)	none
	Libellé	bdnff5	OUTPUT(S)	tMap_6

Paramètres du composant :

Propriétés	Valeurs
Activer	true
Statistiques du tStatCatcher	false
Lire un fichier au format excel2007 (xlsx)	true
Nom de fichier/Flux	context.fichierbdnff
Toutes les feuilles	true
En-tête	1
Pied-de-page	0
Limite
Affecte chaque feuille (en-tête et pied de page)	false
Première colonne	1
Dernière colonne
Terminer en cas d'erreur	false
Séparateur avancé (pour les nombres)	false
Supprimer les espaces en début et en fin de champ dans toutes les colonnes	false
Sélectionnez la colonne dans laquelle vous voulez supprimer les espaces entourant les champs	<column name="Inclure l'en-tête">true</column> <column name="Compresser en tant que fichier zip">false</column> <column name="Séparateur avancé (pour les nombres)">false</column> <column name="Options CSV">false</column> <column name="Créer le répertoire s'il n'existe pas">true</column> <column name="Diviser la sortie dans plusieurs fichiers">false</column> <column name="Personnaliser la taille de la mémoire utilisée pour stocker temporairement les données">false</column> <column name="Sortie en mode ligne">false</column> <column name="Encodage">"ISO-8859-15"</colee_et_Source, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=Aff___Valide__Comb_et_Annee_et_Source, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=Aff___egal_synonyme, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=Calc___Classif__et_Famille, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=Calc___egal_Nom_valide, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=calc__Basionyme, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=Calc__doute_du_nom_valide, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=Calc__Formule_d_hybridation, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=Cle_de_tri__Genre, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=CombNomen, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=D_Annee, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=D_Auteur_principal, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=D_Basionyme, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=D_Doute_nom_valide, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=D_Espece, TRIM=false}, {SCHEMA_COLUMN=D_Genre, TRIM=false}]
Encodage	"UTF-8"
Terminer la lecture sur ligne vide	false
Afficher les informations	true
Commentaire	Fichier original contenant toutes les espèces de la BDNFF version 5
Utiliser une règle de validation existante	false

Schéma demetadata :

Column	Clé	Type	Longueur	Nullable
Calc___Nom_et_reference_biblio	false	String	512	true
Nom_binomial	false	String	256	true
nom_valide	false	String	256	true
nom_complet	false	String	256	true
num_nomenclatural	true	Integer	6	true
num_taxonomique	false	Integer	6	true
D_Statut	false	Integer	2	true
I_CombNomenNew	false	String	256	true
I_Rang_taxonomique	false	Integer	6	true
D_Num_nom_valide	false	Integer	6	true
Aff___CombNomValide_et_form_Hybr	false	String	256	true
Aff___Subsp_Invalide	false	String	256	true
Aff___Subsp_Valide	false	String	256	true
Aff___Syn___Comb_et_Annee_et_Source	false	String	256	true
Aff___Valide__Comb_et_Annee_et_Source	false	String	256	true
Aff___egal_synonyme	false	String	256	true
Calc___Classif__et_Famille	false	String	256	true
Calc___egal_Nom_valide	false	String	256	true
calc__Basionyme	false	String	256	true
Calc__doute_du_nom_valide	false	String	128	true
Calc__Formule_d_hybridation	false	String	128	true
Cle_de_tri__Genre	false	String	64	true
CombNomen	false	String	128	true
D_Annee	false	String		true
D_Auteur_principal	false	String	64	true
D_Basionyme	false	String	8	true
D_Doute_nom_valide	false	String		true
D_Espece	false	String		true
D_Genre	false	String		true

Original Function Parameters:

Composant : tFileList

	UNIQUE NAME	tFileList_1	INPUT(S)	tFileDelete_1
	Libellé	boucle fichiers résutats	OUTPUT(S)	tFileInputDelimited_2

Paramètres du composant :

Propriétés	Valeurs
Activer	true
Statistiques du tStatCatcher	false
Répertoire	context.dossierresultat
Type de fichier dans la liste FileList	FILES
Inclure les sous-répertoires	false
Sensible à la casse	YES
Générer une erreur si aucun fichier n'est trouvé	true
Utiliser des Expressions Globales comme masque de fichier (Décocher la case signifie utiliser des Expressions régulières Perl5)	true
Fichiers	[{FILEMASK="equiv_"}, {FILEMASK="sans_equiv_"}]
Par défaut	true
Par nom de fichier	false
Par taille de fichier	false
Par date de modification	false
asc	true
desc	false
Utiliser l'option Exclure le masque de fichier	false
Format du chemin d'accès utilisant les slash (/) (utile sous Windows)	false
Afficher les informations	true
Commentaire	Sélectionne les fichiers résultats issus de l'exécution du job.
Utiliser une règle de validation existante	false

Original Function Parameters:

Composant : tFileOutputDelimited

	UNIQUE NAME	tFileOutputDelimited_2	INPUT(S)	tMap_4
	Libellé	Equivalence Genres	OUTPUT(S)	none

Paramètres du composant :

Propriétés	Valeurs
Activer	true
Statistiques du tStatCatcher	false
Use Output Stream	false
Nom de fichier	context.cheminequivalencegenre
Séparateur de lignes	"\n"
Séparateur de champs	";"
Ecrire après	false
Inclure l'en-tête	true
Compresser en tant que fichier zip	false
Séparateur avancé (pour les nombres)	false
Options CSV	false
Créer le répertoire s'il n'existe pas	true
Diviser la sortie dans plusieurs fichiers	false
Personnaliser la taille de la mémoire utilisée pour stocker temporairement les données	false
Sortie en mode ligne	false
Encodage	"ISO-8859-15"
Ne pas générer de fichier vide	false
Afficher les informations	true
Commentaire	Fichier des genres pour lesquels une équivalence BDNFF5 est proposée
Utiliser une règle de validation existante	false

Schéma demetadata :

Column	Clé	Type	Longueur	Nullable
id_esp_utilisateur	false	Integer		true
espece_utilisateur	false	String		true
genreutilisateurou2premiersmots	false	String		true
genrebdnff	false	String		true
NomComplet	false	String		true
Num_Taxo	false	Integer	6	true
NomEspeceOfficiel	false	String		true

Original Function Parameters:

Composant : tFileOutputDelimited

	UNIQUE NAME	tFileOutputDelimited_3	INPUT(S)	tMap_4, tUniqRow_1
	Libellé	Genres sans équivalence	OUTPUT(S)	none

Paramètres du composant :

Propriétés	Valeurs
Activer	true
Statistiques du tStatCatcher	false
Use Output Stream	false
Nom de fichier	context.cheminsansequivalencegenre
Séparateur de lignes	"\n"
Séparateur de champs	";"
Ecrire après	false
Inclure l'en-tête	true
Compresser en tant que fichier zip	false
Séparateur avancé (pour les nombres)	false
Options CSV	false
Créer le répertoire s'il n'existe pas	true
Diviser la sortie dans plusieurs fichiers	false
Personnaliser la taille de la mémoire utilisée pour stocker temporairement les données	false
Sortie en mode ligne	false
Encodage	"ISO-8859-15"
Ne pas générer de fichier vide	false
Afficher les informations	true
Commentaire	Fichier des genres pour lesquels aucune équivalence BDNFF5 n'est trouvée. La colonne genrebdnff comporte la chaîne "??????????"
Utiliser une règle de validation existante	false

Schéma demetadata :

Column	Clé	Type	Longueur	Nullable
id_esp_utilisateur	false	Integer		true
espece_utilisateur	false	String		true
genreutilisateurou2premiersmots	false	String		true
genrebdnff	false	String		true
NomComplet	false	String		true
Num_Taxo	false	Integer	6	true
NomEspeceOfficiel	false	String		true

Original Function Parameters:

Composant : tFileOutputDelimited

	UNIQUE NAME	tFileOutputDelimited_4	INPUT(S)	tUniqRow_2
	Libellé	Equivalence Espèces	OUTPUT(S)	none

Paramètres du composant :

Propriétés	Valeurs
Activer	true
Statistiques du tStatCatcher	false
Use Output Stream	false
Nom de fichier	context.cheminequivalenceespece
Séparateur de lignes	"\n"
Séparateur de champs	";"
Ecrire après	false
Inclure l'en-tête	true
Compresser en tant que fichier zip	false
Séparateur avancé (pour les nombres)	false
Options CSV	false
Créer le répertoire s'il n'existe pas	true
Diviser la sortie dans plusieurs fichiers	false
Personnaliser la taille de la mémoire utilisée pour stocker temporairement les données	false
Sortie en mode ligne	false
Encodage	"ISO-8859-15"
Ne pas générer de fichier vide	false
Afficher les informations	true
Commentaire	Fichier des espèces pour lesquelles une (ou plusieurs) équivalence(s) BDNFF5 est (sont) proposée(s)
Utiliser une règle de validation existante	false

Schéma demetadata :

Column	Clé	Type	Longueur	Nullable
id_esp_utilisateur	false	Integer		true
espece_utilisateur	false	String		true
genreutilisateurou2premiersmots	false	String		true
genrebdnff	false	String		true
NomComplet	false	String		true
Num_Taxo	false	Integer	6	true
NomEspeceOfficiel	false	String		true

Original Function Parameters:

Composant : tFileOutputDelimited

	UNIQUE NAME	tFileOutputDelimited_5	INPUT(S)	tMap_6, tFileInputExcel_4
	Libellé	Espèces sans éqivalence	OUTPUT(S)	none

Paramètres du composant :

Propriétés	Valeurs
Activer	true
Statistiques du tStatCatcher	false
Use Output Stream	false
Nom de fichier	context.cheminsansequivalenceespece
Séparateur de lignes	"\n"
Séparateur de champs	";"
Ecrire après	false
Inclure l'en-tête	true
Compresser en tant que fichier zip	false
Séparateur avancé (pour les nombres)	false
Options CSV	false
Créer le répertoire s'il n'existe pas	true
Diviser la sortie dans plusieurs fichiers	false
Personnaliser la taille de la mémoire utilisée pour stocker temporairement les données	false
Sortie en mode ligne	false
Encodage	"ISO-8859-15"
Ne pas générer de fichier vide	false
Afficher les informations	true
Commentaire	Fichier des espèces pour lesquelles aucune équivalence BDNFF5 n'est trouvée.
Utiliser une règle de validation existante	false

Schéma demetadata :

Column	Clé	Type	Longueur	Nullable
id_esp_utilisateur	false	Integer		true
espece_utilisateur	false	String		true
genreutilisateurou2premiersmots	false	String		true
genrebdnff	false	String		true
NomComplet	false	String		true
Num_Taxo	false	Integer	6	true
NomEspeceOfficiel	false	String		true

Original Function Parameters:

Composant : tFileOutputDelimited

	UNIQUE NAME	tFileOutputDelimited_7	INPUT(S)	tFileInputDelimited_2
	Libellé	Fichier final concaténé non trié	OUTPUT(S)	tUnite_1

Paramètres du composant :

Propriétés	Valeurs
Activer	true
Statistiques du tStatCatcher	false
Use Output Stream	false
Nom de fichier	context.dossierresultat + "/final_tmp.csv"
Séparateur de lignes	"\n"
Séparateur de champs	";"
Ecrire après	true
Inclure l'en-tête	true
Séparateur avancé (pour les nombres)	false
Options CSV	false
Créer le répertoire s'il n'existe pas	true
Diviser la sortie dans plusieurs fichiers	false
Personnaliser la taille de la mémoire utilisée pour stocker temporairement les données	false
Sortie en mode ligne	false
Encodage	"ISO-8859-15"
Ne pas générer de fichier vide	false
Afficher les informations	true
Commentaire	Ce fichier en mode append contient la concaténation des différents fichiers résultats.
Utiliser une règle de validation existante	false

Schéma demetadata :

Column	Clé	Type	Longueur	Nullable
id_esp_utilisateur	false	Integer		true
espece_utilisateur	false	String		true
genreutilisateurou2premiersmots	false	String		true
genrebdnff	false	String		true
NomComplet	false	String		true
Num_Taxo	false	Integer	6	true
NomEspeceOfficiel	false	String		true

Original Function Parameters:

Composant : tFileOutputDelimited

	UNIQUE NAME	tFileOutputDelimited_8	INPUT(S)	tSortRow_1
	Libellé	Fichier final trié	OUTPUT(S)	none

Paramètres du composant :

Propriétés	Valeurs
Activer	true
Statistiques du tStatCatcher	false
Use Output Stream	false
Nom de fichier	context.dossierresultat + "/final_trié.csv"
Séparateur de lignes	"\n"
Séparateur de champs	";"
Ecrire après	false
Inclure l'en-tête	true
Compresser en tant que fichier zip	false
Séparateur avancé (pour les nombres)	false
Options CSV	false
Créer le répertoire s'il n'existe pas	true
Diviser la sortie dans plusieurs fichiers	false
Personnaliser la taille de la mémoire utilisée pour stocker temporairement les données	false
Sortie en mode ligne	false
Encodage	"ISO-8859-15"
Ne pas générer de fichier vide	false
Afficher les informations	true
Commentaire	name="metadata"> <column name="id_esp_utilisateur" key="false" type="Integer" length="" precision="" nullable="true" comment=""/> <column name="espece_utilisateur" key="false" type="String" length="" precision="" nullable="true" comment=""/> <column name="genreutilisateurou2premiersmots" key="false" type="String" length="" precision="" nullable="true" comment=""/> <column name="genrebdnff" key="false" type="String" length="" precision="" nullable="true" comment=""/> <column name="NomComplet" key="false" type="String" length="" precision="" nullable="true" comment=""/> <column name="Num_Taxo" key="false" type="Integer" length="6" precision="" nullable="true" comment=""/> <column name="NomEspeceOfficiel" key="false" type="String" length="" precision="" nullable="true" comment=""/> </schema> </schemas> </component> <component icon="pictures/tUniqRow_1.png" uniqueName="tUniqRow_1" label="Supprime doublons genres BDNFF5"> <input link="tMap_3">tMap_3</input> <output link="tMap_4">tMap_4</output> <componentType>tUniqRow</componentType> <parameters> <column name="Activer">true</column> <column name="Statistiques du tStatCatcher">false</column> <column name="Clé unique">[{CASE_SENSITIVE=false, KEY_ATTRIBUTE=false, SCHEMA_COLUMN=genrebdnff}]</column> <column name="Seulement une fois chaque clé dupliquée">false</column> <column name="Utiliser le disque (convient au traitement d'un grand nombre de lignes)">false</column> <column name="Afficher les informations">false</column> <column name="Commentaire">Supprime les doublons du flux des genres issus de la bdnff version 5</column> <column name="Utiliser une règle de validation existante">false</column> </parameters> <schemas> <schema name="tUniqRow_1"> <column name="genrebdnff" key="false" type="String" length="" precision="" nullable="true" comment=""/> </schema> </schemas> </component> <component icon="pictures/tUniqRow_2.png" uniqueName="tUniqRow_2" label="Doublons ID_user Numtaxo"> <input link="tMap_7">tMap_7</input> <output linkfaire normalement) - ?????????? : analyse manuelle. - Plusieurs lignes dans le fichier de sortie pour la même ligne du fichier utilisateur : - Analyse manuelle : Le tri sur la colonne 1 puis sur la colonne 5 (NomComplet) puis sur la colonne 7 (NomEspeceOfficiel) permet de regrouper les propositions : - par ligne du fichier d'entrée (il ne doit en rester qu'une à l'issue du choix de l'opérateur parmi les propositions. - par nom complet (les lignes avec des valeurs vides ne sont probablement pas de bons candidats) - par nom officiel (les espèces précédant leurs sous-espèces dans l'ordre alphabétique).
Utiliser une règle de validation existante	false

Schéma demetadata :

Column	Clé	Type	Longueur	Nullable
id_esp_utilisateur	false	Integer		true
espece_utilisateur	false	String		true
genreutilisateurou2premiersmots	false	String		true
genrebdnff	false	String		true
NomComplet	false	String		true
Num_Taxo	false	Integer	6	true
NomEspeceOfficiel	false	String		true

Original Function Parameters:

Composant : tLogRow

	UNIQUE NAME	tLogRow_1	INPUT(S)	tMap_7, tFileInputDelimited_1
	Libellé	Num_taxo non trouvés	OUTPUT(S)	none

Paramètres du composant :

Propriétés	Valeurs
Activer	true
Statistiques du tStatCatcher	false
Basique	true
Tableau (afficher les valeurs dans les cellules d'un tableau)	false
Vertical (chaque ligne est une liste de clé/valeur)	false
Séparateur de champs	"\|"
Imprimer l'en-tête	false
Afficher le nom unique du composant en face de chaque ligne de sortie	false
Affiche le nom des colonnes du schéma en face de chaque valeur	false
Utiliser une longueur fixe pour les valeurs	false
Afficher les informations	true
Commentaire	Console de rejet des numéros taxonomiques qui ne seraient pas trouvés dans le fichier équivalent aux espèces de la BDNFF5 intégrées en base. Normalement vide.
Utiliser une règle de validation existante	false

Schéma detLogRow_1 :

Column	Clé	Type	Longueur	Nullable
id_esp_utilisateur	false	Integer		true
espece_utilisateur	false	String		true
genreutilisateurou2premiersmots	false	String		true
genrebdnff	false	String		true
NomComplet	false	String	256	true
Num_Taxo	false	Integer	6	true
Num_TaxoNomEspeceOfficiel	false	String		true

Original Function Parameters:

Composant : tPostjob

	UNIQUE NAME	tPostjob_1	INPUT(S)	none
	Libellé	Post Job	OUTPUT(S)	tFileDelete_1

Paramètres du composant :

Propriétés	Valeurs
Activer	true
Statistiques du tStatCatcher	false
Afficher les informations	true
Commentaire	Traitement des 4 fichiers résultats pour une concaténation puis un tri facilitant l'exploitation.
Utiliser une règle de validation existante	false

Original Function Parameters:

Composant : tSortRow

	UNIQUE NAME	tSortRow_1	INPUT(S)	tUnite_1
	Libellé	Tri id_user - nom officiel	OUTPUT(S)	tFileOutputDelimited_8

Paramètres du composant :

Propriétés	Valeurs
Activer	true
Statistiques du tStatCatcher	false
Critère	[{COLNAME=id_esp_utilisateur, SORT=num, ORDER=asc}, {COLNAME=NomComplet, SORT=alpha, ORDER=asc}, {COLNAME=NomEspeceOfficiel, SORT=alpha, ORDER=asc}]
Tri sur le disque	false
Afficher les informations	true
Commentaire	Tri le flux contenant l'ensemble des résultats
Utiliser une règle de validation existante	false

Schéma demetadata :

Column	Clé	Type	Longueur	Nullable
id_esp_utilisateur	false	Integer		true
espece_utilisateur	false	String		true
genreutilisateurou2premiersmots	false	String		true
genrebdnff	false	String		true
NomComplet	false	String		true
Num_Taxo	false	Integer	6	true
NomEspeceOfficiel	false	String		true

Original Function Parameters:

Composant : tUniqRow

	UNIQUE NAME	tUniqRow_1	INPUT(S)	tMap_3
	Libellé	Supprime doublons genres BDNFF5	OUTPUT(S)	tMap_4

Paramètres du composant :

Propriétés	Valeurs
Activer	true
Statistiques du tStatCatcher	false
Clé unique	[{CASE_SENSITIVE=false, KEY_ATTRIBUTE=false, SCHEMA_COLUMN=genrebdnff}]
Seulement une fois chaque clé dupliquée	false
Utiliser le disque (convient au traitement d'un grand nombre de lignes)	false
Afficher les informations	false
Commentaire	Supprime les doublons du flux des genres issus de la bdnff version 5
Utiliser une règle de validation existante	false

Schéma detUniqRow_1 :

Column	Clé	Type	Longueur	Précision	Nullable	Commentaire
genrebdnff	false	String			true

Original Function Parameters:

Composant : tUniqRow

	UNIQUE NAME	tUniqRow_2	INPUT(S)	tMap_7
	Libellé	Doublons ID_user Numtaxo	OUTPUT(S)	tFileOutputDelimited_4

Paramètres du composant :

Propriétés	Valeurs
Activer	true
Statistiques du tStatCatcher	false
Clé unique	[{CASE_SENSITIVE=false, KEY_ATTRIBUTE=true, SCHEMA_COLUMN=id_esp_utilisateur}, {CASE_SENSITIVE=false, KEY_ATTRIBUTE=false, SCHEMA_COLUMN=espece_utilisateur}, {CASE_SENSITIVE=false, KEY_ATTRIBUTE=false, SCHEMA_COLUMN=genreutilisateurou2premiersmots}, {CASE_SENSITIVE=false, KEY_ATTRIBUTE=false, SCHEMA_COLUMN=genrebdnff}, {CASE_SENSITIVE=false, KEY_ATTRIBUTE=false, SCHEMA_COLUMN=NomComplet}, {CASE_SENSITIVE=false, KEY_ATTRIBUTE=true, SCHEMA_COLUMN=Num_Taxo}, {CASE_SENSITIVE=false, KEY_ATTRIBUTE=false, SCHEMA_COLUMN=NomEspeceOfficiel}]
Seulement une fois chaque clé dupliquée	false
Utiliser le disque (convient au traitement d'un grand nombre de lignes)	false
Afficher les informations	true
Commentaire	Supprime les lignes pour lesquelles le même numéro taxonomique est présent pour une même ligne du fichier d'entrée.
Utiliser une règle de validation existante	false

Schéma detUniqRow_2 :

Column	Clé	Type	Longueur	Nullable
id_esp_utilisateur	false	Integer		true
espece_utilisateur	false	String		true
genreutilisateurou2premiersmots	false	String		true
genrebdnff	false	String		true
NomComplet	false	String		true
Num_Taxo	false	Integer	6	true
NomEspeceOfficiel	false	String		true

Original Function Parameters:

Composant : tUnite

	UNIQUE NAME	tUnite_1	INPUT(S)	tFileOutputDelimited_7
	Libellé	Fusion	OUTPUT(S)	tSortRow_1

Paramètres du composant :

Propriétés	Valeurs
Activer	true
Statistiques du tStatCatcher	false
Afficher les informations	true
Commentaire	Fusionne les différents flux du contenu de chaque fichier résultat en un seul flux
Utiliser une règle de validation existante	false

Schéma demetadata :

Column	Clé	Type	Longueur	Nullable
id_esp_utilisateur	false	Integer		true
espece_utilisateur	false	String		true
genreutilisateurou2premiersmots	false	String		true
genrebdnff	false	String		true
NomComplet	false	String		true
Num_Taxo	false	Integer	6	true
NomEspeceOfficiel	false	String		true

Original Function Parameters:

Composant : tMap

	UNIQUE NAME	tMap_1	INPUT(S)	tFileInputExcel_2
	Libellé	Analyse si genres et premiers mots	OUTPUT(S)	tMap_2

Composant : tMap

	UNIQUE NAME	tMap_2	INPUT(S)	tMap_1
	Libellé	Sépare genres et espèces	OUTPUT(S)	tMap_4, tMap_6

Composant : tMap

	UNIQUE NAME	tMap_3	INPUT(S)	tFileInputExcel_1
	Libellé	Exrait colonne D_Genre	OUTPUT(S)	tUniqRow_1

Composant : tMap

	UNIQUE NAME	tMap_4	INPUT(S)	tMap_4, tUniqRow_1
	Libellé	Analyse Genres	OUTPUT(S)	tFileOutputDelimited_2, tFileOutputDelimited_3

Composant : tMap

	UNIQUE NAME	tMap_6	INPUT(S)	tMap_6, tFileInputExcel_4
	Libellé	Analyse Espèces	OUTPUT(S)	tMap_7, tFileOutputDelimited_5

Composant : tMap

	UNIQUE NAME	tMap_7	INPUT(S)	tMap_7, tFileInputDelimited_1
	Libellé	Nom Officiel	OUTPUT(S)	tUniqRow_2, tLogRow_1